| 中文名 | 學名 | 保護級別 | 備注 | |
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| 硬骨魚綱OSTEICHTHYES | ||||
| 鱘形目# | ACIPENSERIFORMES | |||
| 鱘科 | Acipenseridac | |||
| *中華鱘 | Acipenser sinensis | 一級 | ||
| *長江鱘 | Acipenser dabtyanus | 一級 | 原名“達氏鱘” | |
| *鰉 | Huso dauricus | 一級 | 僅限野外種群 | |
| *西伯利亞鱘 | Acipenser baerii | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *裸腹鱘 | Acipenser nudiventris | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *小體鱘 | Acipenser mihenus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *施氏鱘 | Acipenser schrenckii | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 匙吻鱘科 | Polyodontidae | |||
| *白鱘 | Psephurus gladius | 一級 | ||
| 鰻鱺目 | ANGUILLIFORMES | |||
| 鰻鱺科 | Anguillidae | |||
| *花鰻鱺 | Anguilla marmorata | 二級 | ||
| 鯡形目 | CLUPEIFORMES | |||
| 鯡科 | Clupeidac | |||
| *鮒 | Tenualosa reevesii | 一級 | ||
| 鯉形目 | CYPRINIFORMES | |||
| 雙孔魚科 | Gyrinocheilidae | |||
| *雙孔魚 | Gyrinocheilus aymotiieri | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 裸吻魚科 | Psilorhynchidae | |||
| *平鰭裸吻魚 | Psilorhynchus homaloptera | 二級 | ||
| 亞口魚科 | Catostomidae | 原名“胭脂魚科” | ||
| *胭脂魚 | Myxocyprinus asiaticus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 鯉科 | Cyprinidae | |||
| *唐魚 | Tanichthys albonubes | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *稀有鮈鯽 | Gobiocypris rams | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *鯮 | Luciobrama macrocephalits | 二級 | ||
| *多鱗白魚 | Anabarilius polylepis | 二級 | ||
| *山白魚 | Anabarilius transmontanus | 二級 | ||
| *北方銅魚 | Coreius septentrionalis | 一級 | ||
| *圓口銅魚 | Coreius guichenoti | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *大鼻吻鮈 | Rhinogobio nasutus | 二級 | ||
| *長鰭吻鮈 | Rhinogobio ventralis | 二級 | ||
| *平鰭鰍鮀 | Gobiobotia homalopteroidea | 二級 | ||
| *單紋似鱤 | Luciocyprinus langsoni | 二級 | ||
| *金線鲃屬所有種 | Sinocyclocheilus spp. | 二級 | ||
| *四川白甲魚 | Onychostoma angustistomata | 二級 | ||
| *多鱗白甲魚 | Onychostoma macroiepis | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *金沙鱸鯉 | Percocypris pingi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *花鱸鯉 | Percocypris regani | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *后背鱸鯉 | Percocypris retrodorslis | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *張氏鱸鯉 | Percocypris tchangi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *裸腹盲鲃 | Typhlobarbus nudiventris | 二級 | ||
| *角魚 | Akrokolioplax bicomis | 二級 | ||
| *骨唇黃河魚 | Chuanchia labiosa | 二級 | ||
| *極邊扁咽齒魚 | Platypharodon extremus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *細鱗裂腹魚 | Schizothorax chongi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *巨須裂腹魚 | Schizothorax macropogon | 二級 | ||
| *重口裂腹魚 | Schizothorax davidi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *拉薩裂腹魚 | Schizothorax M>altoni | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *塔里木裂腹魚 | Schizothorax biddulphi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *大理裂腹魚 | Schizothorax taliensis | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *扁吻魚 | Aspiorhymchus laticeps | 一級 | 原名“新疆大頭魚” | |
| *厚唇裸重唇魚 | Gymnodiptychus pachycheilvs | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *斑重唇魚 | Diptychus maculatus | 二級 | ||
| *尖裸鯉 | Oxygymnocypris stewartii | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *大頭鯉 | Cyprinus pellegrini | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *小鯉 | Cyprinus micristius | 二級 | ||
| *撫仙鯉 | Cyprinus fwcianensis | 二級 | ||
| *巖原鯉 | Procypris rabaudi | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *烏原鯉 | Procypris merus | 二級 | ||
| *大鱗鰱 | Hypophthalmichthys harmandi | 二級 | ||
| 鰍科 | Cobitidae | |||
| *紅唇薄鰍 | Leptobotia rubrilabris | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *黃線薄鰍 | Leptobotiaflavolineata | 二級 | ||
| *長薄鰍 | Leptobotia elongata | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 條鰍科 | Nemacheilidae | |||
| *無眼嶺鰍 | Oreonectes anophthalmus | 二級 | ||
| *擬鯰高原鰍 | Triplophysa siluroides | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *湘西盲高原鰍 | Triplopkysa xiangxiensis | 二級 | ||
| *小頭高原鰍 | Triphophysa minuta | 二級 | ||
| 爬鰍科 | Balitoiidae | |||
| *厚唇原吸鰍 | Protomyzon pachychilus | 二級 | ||
| 鲇形目 | SILURIFORMES | |||
| 鯪科 | Bagridae | |||
| *斑鳠 | Hemibagrus guttatus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 鲇科 | Siluridae | |||
| *昆明鲇 | Silurus mertto | 二級 | ||
| ??科 | Pangasiidae | |||
| *長絲?? | Pangasius sanitwangsei | 一級 | ||
| 鈍頭鮠科 | Amblycipitidae | |||
| *金氏? | Liobagrus kingi | 二級 | ||
| 鮡科 | Sisoridae | |||
| *長絲黑鮡 | Gagata dolichonema | 二級 | ||
| *青石爬鮡 | Euchiloglanis davidi | 二級 | ||
| *黑斑原鮡 | Glyptostemum maculatum | 二級 | ||
| *魾 | Bagarius bagarius | 二級 | ||
| *紅魾 | Bagarius rutilus | 二級 | ||
| *巨魾 | Bagarius yarrelli | 二級 | ||
| 鮭形目 | SALMONIFORMES | |||
| 鮭科 | Salmonidae | |||
| *細鱗鮭屬所有種 | Brachymystax spp. | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *川陜哲羅鮭 | Hucho bleekeri | 一級 | ||
| *哲羅鮭 | Hucho taimen | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *石川氏哲羅鮭 | Hucho ishikawai | 二級 | ||
| *花羔紅點鮭 | Salvelinus malma | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *馬蘇大馬哈魚 | Oncorhynchus masou | 二級 | ||
| *北鮭 | Stenodus leucichthys | 二級 | ||
| *北極茴魚 | Thymallus arcticus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *下游黑龍江茴魚 | Thymallus tugarinae | 二級 | 僅限野外種群 | |
| *鴨綠江茴魚 | Thyniallus yaluensis | 二級 | 僅限野外種群 | |
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| 鱸形目 | PERCIFORMES | |||
| 石首魚科 | Sciaenidae | |||
| *黃唇魚 | Bahaba taipingemis | 一級 | ||
| 隆頭魚科 | Labridae | |||
| *波紋唇魚 | Cheilinus undulatus | 二級 | 僅限野外種群 | |
| 鲉形目 | SCORPAENIFORMES | |||
| 杜父魚科 | Cottidae | |||
| *松江鱸 | Trachidermus fasciatus | 二級 | 僅限野外種群。原名“松 江鱸魚” | |
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