孔雀石綠處理后斑馬魚魚卵的轉(zhuǎn)錄組分析

孔雀石綠是一種三苯甲烷染料，在水產(chǎn)養(yǎng)殖中，孔雀石綠曾經(jīng)被廣泛用于淡水魚養(yǎng)殖業(yè)，以預(yù)防和治療體外寄生蟲和真菌感染。前期研究報道了孔雀石綠的毒性效應(yīng)，但很少有研究探討孔雀石綠的毒性機(jī)理。本文以斑馬魚為研究對象，從轉(zhuǎn)錄組水平分析了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響，借此探討孔雀石綠對水生生物的毒性機(jī)理。結(jié)果如下：

illumina測序與質(zhì)量評價

孔雀石綠處理組和空白對照組構(gòu)建了六個cDNA文庫，總共獲得了257,730,582bp數(shù)據(jù)，選取Q30百分比高于91.17％的一組用于后續(xù)分析。

與參考基因組的比較分析

對照組和孔雀石綠處理組之間的數(shù)據(jù)比對結(jié)果顯示：可比對到基因組和未比對到基因組的reads具有顯著差異（p

DEG分析

與對照組相比，經(jīng)孔雀石綠處理組結(jié)果顯示：共發(fā)現(xiàn)2436個DEGs，其中1376個DEGs顯著上調(diào)，1060個DEGs顯著下調(diào)。DEGs被注釋到322條已知的kegg通路。然而，只有氨基酰tRNA生物合成通路顯著富集。

變異分析

變異分析顯示兩組間的indel數(shù)（核苷酸的插入和刪除）無顯著性差異（p＞0.05）。實驗組與對照組的單核苷酸多態(tài)性數(shù)（snps）和總變異數(shù)（snp+indel）有顯著差異（p表明孔雀石綠導(dǎo)致基因變異。

利用qRT-PCR進(jìn)行DEG驗證

qRT-PCR分析基因的表達(dá)水平與RNA-Seq的結(jié)果一致。表明RNA-Seq結(jié)果總體上是可靠的；然而，還需要進(jìn)一步的研究來明確其毒性機(jī)理。

總結(jié)：

本研究從轉(zhuǎn)錄組水平探討了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響。在與參考基因組的比較分析說明孔雀石綠對魚卵具有遺傳毒性作用。通過DEG分析確定孔雀石綠影響了斑馬魚魚卵基因的表達(dá)。變異分析結(jié)果表明孔雀石綠通過snp變異導(dǎo)致基因變異。